Tradizionalmente la nascita storica dello Iaido avviene nel secondo anno dell'era EIROKU per merito di Hayashizaki Jinsuke Shigenobu(1546-1621). Si tramanda che appena ventenne Hayashinzaki si sia recato in un santuario shinto, dove vi rimase in preghiera per 100 giorni; alla fine di questi giorni ricevette un sogno in cui fu istruito sulla tecnica di estrazione della spada. 
 
Fù cosi che il giovane Hayashinzaki creò il primo stile di Iaido chiamandolo Shinmei Muso Ryu. In onore di Hayashinzaki fu eretto un tempio, Hayanshizaki Kai Jinja, e dopo la sua morte i suoi discepoli chiamarono il suo stile di spada Shin Muso Hayashinzaki Ryu.
 
Contemporaneamente nello stesso periodo in tutto il Giappone si stabilì una pace solida e duratura, inizia il periodo Tokugawa(1600-1868). Grazie a questa pace e prosperità si avranno dei cambiamenti sostanziali nell'arte della spada, dal Bujutsu si passerà al Budo e di conseguenza dallo Iaijutsu allo Iaido. Storicamente la spada diventa una via spirituale.
 
Non è certo un caso che il fine ultimo dello Iaido sia racchiuso nella frase "Saya no uchi", ossia "Vincere senza sfoderare". La pratica dello Iaido fortifica corpo e spirito. La pratica dello Iaido deve forgiare una personalità completa, forte e raffinata, vigorosa e comprensiva. Il laboratorio dello Iaido è il corpo stesso del praticante di Iaido (iaidosei) e quest'ultimo farà del suo corpo un tempio in cui forza e raffinatezza, giustizia e comprensione, determinazione e dolcezza, armoniosamente risiederanno.
 
Nello Iaido l'unico vero avversario contro cui combattere è la "Volontà personale". La spada deve tagliare quelli che sono i propri personalismi di qualunque sfaccettatura essi siano, positivi o negativi. Solo se si pratica in maniera "Impersonale" si può dire che si pratica la via della spada.
 
Un uomo sapiente una volta definì lo Iaido una "Preghiera in movimento" e da questa definizione citiamo un padre del deserto che così si espresse sull'Arte della Preghiera: "Se vuoi pregare degnamente,rinnega te stesso in ogni momento" (Evagrio Pontico).